Sau khi xuất biên chế Independence tiếp tục bị bỏ không trong năm năm rưỡi tiếp theo trước khi bị rút tên khỏi danh sách Đăng bạ Hải quân vào ngày 8 tháng 3, 2004. Trong giai đoạn này con tàu bị tháo dỡ nhiều linh kiện phụ tùng để hỗ trợ cho các tàu sân bay vẫn còn đang hoạt động, đặc biệt là những chiếc thuộc lớp Kitty Hawk. Mỏ neo bên mạn trái và cả hai sợi dây neo được sử dụng cho chiếc tàu sân bay mới USS George H.W. Bush thuộc lớp Nimitz. Việc tái sử dụng phụ tùng cũng như tình trạng vật chất của con tàu đã xuống cấp vào lúc ngừng hoạt động đã gây ra phản đối mạnh mẽ việc giữ lại Independence như một tàu bảo tàng. Đến tháng 4, 2004, hải quân đưa nó vào danh sách 24 tàu chiến đã loại biên có thể đánh chìm để tạo thành các dãi san hô nhân tạo; tuy nhiên đến tháng 2, 2008 nó lại được xếp lịch để được tháo dỡ trong vòng năm năm tiếp theo, cùng với USS Constellation.[18]

Vào ngày 26 tháng 1, 2012, Hải quân có thông báo về việc sẽ tháo dỡ hoàn toàn tại Hoa Kỳ nhiều tàu sân bay trong loạt CV-59/CV-63, bao gồm Forrestal, Independence và Constellation.[19]

Sau khi đã tháo dỡ Ranger và Constellation,[20] vào ngày 10 tháng 3, 2017 Independence bắt đầu một hành trình dài 16.000 dặm từ Xưởng hải quân Puget Sound đến Brownsville, Texas để được tháo dỡ bởi hãng International Shipbreaking Limited.[21] Nó bắt đầu băng qua eo biển Magellan vào ngày 26 tháng 4, 2017,[22] và đi đến Brownsville vào ngày 30 tháng 5, nơi một buổi lễ đặc biệt được tổ chức tại công viên Isla Blanca Park dành cho các cựu chiến binh, học sinh và những thành viên cộng đồng địa phương có dịp vinh danh con tàu.

Tọa độ: 47°33′09″B 122°39′24″T / 47,5525°B 122,6566°T / 47.5525; -122.6566 (USS Independence (CV-62))